После переустановки свежей версии SFW 3.0.9 на windows 10, возник конфликт с jip_nvse.dll при его подключении игра не видит архивы Fallout - Textures3.bsa, Fallout - Textures4.bsa, и следовательно в игре пропадают текстуры. Нашел решение. Если кому интересно, проблема была в файле ...\Documents\My Games\FalloutNV\FalloutCustom.ini - при подключении jip_nvse.dll он переопределяет настройки Fallout.ini.