1. Одинаковые файлы - результат переноса ресурсов F3 и отсутствие ресурсов/кадров на реализацию процесса перепаковки архивов с очисткой всего лишнего в рамках инсталлера.
2. По поводу лога из ГЕКК-экстендера, ядро проекта было сделано до появления этого плагина, и это просто нечем было проверять. Сейчас же на анализ всех этих логов опять же нет времени/кадров. Ошибки критичными не являются. А критичные ошибки чинятся по мере их обнаружения.
В общем, если помимо желания спросить, есть желание как-то практически помочь, буду рад.