Если с обнулением еще можно воссоздать что-то, похожее на то, как сделано в SFW, то как быть с восстановлением после прохождения, я не знаю. Да и что именно восстанавливать? Вручную прописывать каждый перк, например, замудохаешься.
Можно забирать у игрока всё, кроме уникальных перков, как бы подразумевая, что ГГ именно играет в воспоминания с частью своих способностей. И не восстанавливать ничего после возвращения...