Так, вспомнил про эту проблему, и стал смотреть, что там за локация добавляется в 3DNPC. И оказалось следующее: по сюжету мы должны через туннели Жюри-Стрит попасть на некую фабрику лапши, и дальше опять в туннели, и в итоге в бункер.
Автор 3DNPC копипастил ванильные интерьеры, чуток их менял, и больше ничего особо не делал. Фабрика представляет собой копию здания Эвергрин-Миллз. Разумеется, снаружи, в окрестностях Жюри-Стрит, разумеется, нет подобных зданий.
В общем, что сделал - примеривая локации туннелей и станции Жюри-Стрит, и добавленных модом локаций, прикинул соответствия экстерьеру, добавил туда руины небольшой разрушенной фабрики. Интерьер ее переделал в подвал, и обустроил, поменял ей вход, теперь попадаем в нее из туннелей Жюри-Стрит, а не со станции.
С учетом расположения, переделал дальнейший переход в туннели мода, и другой выход из локации также поменял на более логичный.
В общем, проблема невидимых вагонов таким образом решилась сама собой.