https://geckwiki.com/index.php?title=StopQuest
Тут описаны нюансы.
Если к квесту приписаны диалоги и эти диалоги еще используются в игре, то квест нельзя отключать. То же самое с активными скриптами.
Поэтому их надо выключать вручную. А чтобы выключать их вручную, надо вручную каждый квест смотреть, можно ли его выключить или нет.
Навряд ли, я думаю) Если нет скрипта. Но хз где про подобные нюансы посмотреть можно, как игра обрабатывает включенные/остановленные квесты