Тоже давно думал насчёт этого вопроса. На мой взгляд, можно вшить в мастер или в базу, без разницы. За все годы абсолютно никаких проблем с этим модов не встретил.
Как заметил Магнум:
Ответ прост: тупо забить. Серьёзных эстетических проблем я не увидел. Анимация не столь прям распашистые, чтобы сильно пересекаться с другими мешами. Да, они пересекаются, но повторюсь, это не столь критично и не сильно заметно, как может показаться на первый взгляд.
По-моему все ящики переанимированы, даже с ванильными анимациями.