Для обновления модулей нужно их скачать и распаковать (или закидывать предварительно распакованные) их в папку Data игры. Если играете в полную сборку придется качать все модули по отдельности так как с Января она полностью обновилась уже несколько раз.
Внимательно смотрите историю обновлений каждого из модулей которые хотите обновить, как минимум у одного модуля придется после обновления удалить ставший лишний файл. Перед запуском проверьте порядок загрузки (на менеджере модов FOMM он слетает, на МО2 сбоке возможно и сохраняется) который вы можете найти на данном сайте.
п.с.: Имейте в виду, я играю на собранной вручную из отдельно скаченных с сайта модулей не полную версию сборки на основе менеджера модов FOMM (тот что был в прошлых версиях) и обновляю сборку у себя именно так (с Января уже раз пять). Но для МО2 версии сборки возможно есть нюансы при обновлении, так что либо пробуйте описанный мной метод, либо ждите ответа авторов сборки.